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Regine von Ramin-Labor für Molekulare Rheumatologie
Auf der Suche nach krankheitsrelevanten Genregulationsmustern
Das Regine-von-Raminlabor hat zum Ziel, mittels Hochdurchsatz-Technologien Krankheitsbedingte Veränderungen in genau definierten Zellpopulationen, die beispielsweise aus dem Blut oder lymphatischen Organen isoliert worden sind, auf Genregulationsebene aufzudecken. Da hierbei die Aktivität sämtlicher Gene, ca. 20.000 beim Menschen, und zusätzlich noch sog. nicht-codierende Genbereiche sowie sog. miRNA‘s analysiert werden, lassen sich aus derart generierten Datensätzen das Zusammenspiel unterschiedlicher Moleküle und somit auch neue Hypothesen zu möglichen Krankheitsmechanismen ableiten.
Im Dezember 2004 wurde durch den großzügigen Nachlass von Frau von Ramin und einer Kofinanzierung aus Mitteln der Senatsverwaltung WiFoKu das Regine-von-Ramin Labor für Molekulare Rheumatologie (RvR-Labor) gegründet. In diesem gemeinsam von den Arbeitsgruppen des DRFZ und den Liaisongruppen der Charité genutzten Service Labor werden vornehmlich genomweite Transkriptom-Analysen und insbesondere auf Einzel-Zell Ebene (!0X genomics Technologie) durchgeführt. Hierbei kommen sowohl die Chip-basierte Affymetrix®-Technologie als auch die Next-Generation Sequencing Technologie (NGS) von Illumina® und PacBio zum Einsatz.
Seit mehr als 20 Jahren wurden eine Vielzahl an Zell-, Krankheits- und Gewebe-spezifischen Transkriptomen erstellt, die eine wertvolle Quelle auch für zukünftige Analysen sind, um bei neu aufkommenden Fragestellungen oder neu entwickelten Hypothesen nach entsprechenden Genen bzw. Gensignaturen schauen zu können.
Hierfür wurde 2006 von Mitarbeitern der Charité und des DRFZ gemeinsam die Charité Ausgründung „BioRetis“ gegründet, die eine Datenbank bzw. Webapplikation entwickelt hat, in der die meisten der annähernd 2.000 im Ramin-Labor generierten sowie zusätzlich frei verfügbaren Datensätze für Analysezwecke zur Verfügung stehen (www.bioretis.com).
Für noch tiefergehende Analysen wurde die NGS-Technologie etabliert, die es ermöglicht, nicht nur bekannte Gensequenzen zu analysieren, sondern das gesamte Transkriptom inklusive nicht-codierender Bereiche sowie sog. microRNA’s, die aus nur sehr kurzen Gensequenzen bestehen (i.d.R. 21 bis 23 Nukleotide) und vor allem genregulatorische Aufgaben besitzen. Außerdem ermöglicht die NGS-Technologie die Erstellung von Immunrezeptor Repertoires von T- und B-Lymphozyten durch Targeted-Sequenzierung, die Bestimmung des Mikrobioms mit Hilfe der 16S-Sequenzierung.
Stichworte
Transkriptom-Analysen
Gensignaturen
Genchip-Analysen
Next Generation Sequencing
Einzel-Zell-Sequenzierung
Mikrobiom Analysen
Gruppenleiter
Dr. rer. nat. Mir-Farzin Mashreghi
Dr. rer. nat. Andreas Grützkau
Technische Leitung
Dr. Gitta Heinz
Dipl. Biotech. Katrin Lehmann
Technische Assistenz
Heike Hirseland
Gabriela Guerra
- Dr. rer. nat. S Fillatreau, INEM – Paris
- Dr. rer. nat. K Tokoyoda, DRFZ – Berlin
- PD Dr. U. Syrbe, CBF – Charité
- Dr. D. Poddubnyy, CBF – Charité
- Dr. rer. nat. A Thiel, BCRT – Charité
- Dr. rer. nat. F Melchers, DRFZ – Berlin
- Dr. F Apparailly, INSERM, Montpellier, Frankreich
- Prof. Dr. A. Diefenbach, DRFZ/Charité
- Prof. Dr. M. Mall, Charité
- PD Dr. T. Kallinich, DRFZ/Charité
- Prof. Dr. B. Opitz, Charité
- Prof. Dr. W. Kübler, Charité
- Prof. Dr. H-D Volk, BCRT/Charité
- Prof. Dr. P. Reinke, BCRT/Charité
- Prof. Dr. K. Budde, Charité
- Prof. Dr. A. Scheffold, Universität Kiel
- Beller A, Kruglov A, Durek P, von Goetze V, Werner K, Heinz GA, Ninnemann J, Lehmann K, Maier R, Hoffmann U, Riedel R, Heiking K, Zimmermann J, Siegmund B, Mashreghi MF, Radbruch A, Chang HD. Specific microbiota enhances intestinal IgA levels by inducing TGF-β in T follicular helper cells of Peyer’s patches in mice. Eur J Immunol. 2020 Feb 17. doi:10.1002/eji.201948474.
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